Prema posljednjem godišnjem Izvještaju o zdravstvenom stanju stanovništva i zdravstvenoj zaštiti u FBiH koji je pripremio Zavod za javno zdravstvop FBIH, stanovništvo u FBiH najčešće umire od oboljenja cirkulatornog sistema (53,9%). Druge po rangu su neoplazme sa 19,7% učešća, pa su tako skoro tri četvrtine svih uzroka smrti iz ove dvije grupe. Visoko su pozicionirana i endokrina i metabolička oboljenja sa poremećajima u ishrani (4,0%), kao i povrede, trovanja i druge posljedice spoljšanjih uzroka (3,1%).
Rang vodećih oboljenja registrovanih u primarnoj zdravstvenoj zaštiti je sličan kao i ranijih godina, a karakteriše ga značajno učešće hroničnih oboljenja, što je direktna posljedica visoke prevalence faktora rizika koji uzrokuju nastanak hroničnih oboljenja (pušenje, gojaznost, nepravilna ishrana, fizička neaktivnost). Zbog toga su programi prevencije faktora rizika neophodni i izuzetno značajni.
Mentalni poremećaji predstavljaju važan javnozdravstveni problem zbog mogućeg hroničnog toka i značajnog učešća u korištenju zdravstvene zaštite. Vodeća oboljenja registrovana u PZZ su neurotski, sa stresom povezani i somatski poremećaji (41,3%). Briga o mentalnom zdravlju stanovništva je posebno važna zbog lošeg socio-ekonomskog statusa stanovništva, stalnog rasta stope nezaposlenosti i loših životnih navika (alkoholizam, psihotropne supstance).
S obzirom na put prenosa i način zaraze, najveći udio registrovanih slučajeva zaraznih bolesti i dalje čine respiratorne bolesti (74,5%), potom crijevne infekcije (17,98%).
U razdoblju od 1989.do 2008. godine u FBiH je ukupno registrovana 91 osoba sa HIV infekcijom, od kojih su 59 sa razvijenim AIDS-om. Od svih registrovanih slučajeva 38 je umrlo. Zahvaljujući uspješnom provođenju Programa obaveznog vakcinisanja djece, vidljiv je pad morbiditeta svih vakcinama preventabilnih bolesti u proteklom četvorogodišnjem razdoblju.
Ukupan broj novodijagnosticiranih bolesnika s invazivnim rakom (bez raka kože) u 2008. godini iznosio je 3.813 (2.035 muškarca i 1.778 žena). Stopa obolijevanja je iznosila 163,8/100.000 (178,3/100.000 za muškarce i 149,3/100.000 za žene). Posljednjih godina je primjetan porast stope registriranih malignoma, sa nešto nižom stopom u 2008. godini. Rak se nesto češće registrira kod muškaraca nego žena (53,4:46,6%)
Među posebno značajne javno zdravstvene probleme spadaju nadzor nad vodoopskrbnim objektima i nedovoljna kontrola vode za piće (posebno vode iz lokalnih objekata vodosnabdijevanja) i hrane, te neadekvatno uklanjanje otpadnih materija, naročito opasnog otpada (medicinski, industrijski itd).
Prehrambene navike populacije, a posebno populacije školske djece su izrazito nezdrave, procenat prekomjerno teških i gojaznih odraslih je visok, a porast prekomjerne težine kod djece starosti 0-5 godina je posebno zabrinjavajući. Prisutni jodni deficit među trudnicama i dojiljama kao i anemija usljed nedostatka željeza predstavljaju značajan javno zdravstveni problem.
Kvalitet vode za piće nije zadovoljavajući u pojedinim dijelovima Federacije BiH, iako Bosna i Hercegovina raspolaže značajnim vodnim resursima. Prema rezultatima posljednjih istraživanja, u Federaciji BiH 73,2% domaćinstava je priključeno na centralni sistem vodosnabdijevanja (vodovodi), gdje se voda uglavnom kontinuirano kontroliše na zdravstvenu ispravnost.
Izvještaj o zdravstvenom stanju i zdravstvenoj zaštiti stanovništva u FBiH u 2008. godini.