Odjel za higijenu i zdravstvenu ekologiju i ima tri uposlenika i to: dva ljekara – specijliste higijene i zdravstvene ekologije, sa zvanjem doktora nauka te jednu laboratorijsku tehničarku.
Odjel obavlja poslove praćenja i analize pokazatelja vezanih za ishranu, fizičku aktivnost i riziko faktore okoliša te priprema izvještaje o zdravstvenom stanju stanovništva.
Aktivnosti Odjela obuhvataju i pripremu i provedbu projekata i populacionih istraživanja vezanih za ishranu, sigurnost hrane, fizičku aktivnost, te za riziko faktore okoliša, posebno za zagadjenje zraka i medicinski otpad.
Pored navedenog, Odjel provodi promotivne i preventivne programe i intervencije vezane za ishranu, fizičku aktivnost i riziko faktore okoliša, te priprema I sudjeluje u izradi zakonodavstva, politika, strategija i akcijskih planova iz navedenih oblasti.
Odjel svoje aktivnosti provodi kroz intersektorsku i međunarodnu saradnju, posebno sarađujući sa sektorom obrazovanja, okolisa i socijalne skrbi, te Svjetskom zdravstvenom organizacijom i UNICEFom.
U sklopu djelovanja Odjela je i izrada vodiča, smjernica, standarda i normativa vezanih za ishranu, sigurnost hrane, fizičku aktivnost i riziko faktore okoliša.
Odjel provodi dodiplomsku i poslijediplomsku edukaciju za ljekare, farmaceute, stomatologe, sanitarne inženjere, osoblje zaposleno u proizvodnji i prometu namirnica, bavi se publicističkom djelatnosti i usko sarađuje i pruža stručno – tehničku pomoć kantonalnim zavodima za javno zdravstvo.