Služba za pravne poslove kroz svoje aktivnosti prati rad ureda ravnatelja i stručnih službi Zavoda. Služba kontinuirano prati propise iz oblasti zdravstva, zaštite od zaraznih bolesti i drugih oblasti u vezi s djelatnošću Zavoda (zdravstvene ispravnosti hrane, vode i predmeta opće upotrebe, zaštite od zračenja i dr.). Također, predlaže ili sudjeluje u procedurama za izmjene i dopune postojećih ili prijedloga novih zakona i podzakonskih akata koje donose nadležna tijela. Služba izrađuje prijedloge novih internih akata, odnosno obavlja reviziju postojećih radi njihovog usklađivanja sa važećim zakonskim i podzakonskim propisima.
Služba za pravne poslove, kao podrška uredu ravnatelja, priprema sve podnesake za potrebe sudskih, upravnih i drugih predmeta (tužbe, odgovori na tužbe, prigovori, očitovanja na pismena upućena Zavodu, te očitovanja, odgovore na akte državnih, federalnih i drugih institucija i drugih pravnih osoba, koji su u vezi s obavljenjem redovne djelatnosti Zavoda.
Isto tako, u suradnji sa Sektorom zdravstvene ekologije i prema potrebi s drugim stručnim službama priprema ponude za obavljanje usluga iz nadležnosti Zavoda, izrađuje ugovore o poslovno-tehničkoj suradnji s korisnicima usluga te prati njihovu realizaciju.
Priprema tužbe i druge podneske te po ovlaštenju ravnatelja zastupa Zavod u sudskim i upravnim postupcima;
Služba za pravne poslove vodi propisane kadrovske evidencije i podatke o radnicima Zavoda (elektronska evidencija prisustva na poslu, elektronska/papirna matična evidencija radnika, personalni dosjei, pojedinačne odluke, rješenja, sporazumi iz i u vezi s radnim odnosom). Također, Služba vodi protokol i arhivu Zavoda u dvije organizacijske cjeline te sve propisane pomoćne knjige i evidencije u skladu s propisima iz uredskog i arhivskog poslovanja.
Služba za pravne poslove sudjeluje u izradi i provedbi Plana razvoja ljudskih resursa i provodi postupke javnih natječaja za prijem u radni odnos uključujući i potrebne prethodne procedure prema nadležnim ministarstvima i Vladi Federacije BiH.
Služba priprema radne materijale i pruža administrativno-tehničku podršku za potrebe sjednica Upravnog vijeća, Stručnog vijeća, Kolegija Zavoda, i drugih stručnih povjerenstava iz djelatnosti Zavoda.
Služba za pravne poslove sudjeluje u projektnim aktivnostima Zavoda te prema potrebi pruža administrativno-tehničku podršku. Prema potrebi, Služba sudjeluje u edukacijama i istraživanjima koje organizira i provodi Zavod;
Služba za pravne poslove skrbi o održavanju i servisiranju službenih vozila, izrađuje i prati provedbu Plana korištenja službenih vozila za potrebe službenih putovanja radnika Zavoda, prijevoza cjepiva i druge opreme te rada na terenu. Također, skrbi o tehničkom održavanju poslovnih zgrada Zavoda te o čistoći poslovnih i laboratorijskih prostorija Zavoda.