Sektor zdravstvene ekologije ima za cilj osigurati visoku razinu zaštite zdravlja stanovništva Federacije BiH od štetnog djelovanja različitih faktora okoliša (fizikalni, kemijski, radiološki, mikrobiološki i biološki) u različitim medijima okoliša, kao što su voda, hrana, zrak i dr.
Ovaj cilj Sektor zdravstvene ekologije postiže kroz aktivna stručna sudjelovanja u donošenju novih i usklađivanju postojećih zakona i podzakonskih akata sa Direktivama EU i njihovoj provedbi, kao i u kreiranju javnozdravstvene politike iz područja svog djelovanja.
Također, zaštitu i unaprijeđenje zdravlja stanovništva Sektor ostvaruje kroz laboratorijske analize uzoraka svih vrsta voda, hrane i predmeta opće upotrebe (materijali i predmeti koji dolaze u neposredni dodir s hranom, predmeti široke potrošnje – kozmetički proizvodi, igračke, deterdženti, duhan i duhanski proizvodi) na parametre zdravstvene ispravnosti i kvalitete, a u skladu sa zahtjevima važeće legislative te provodi mnoge programe zaštite od jonizirajućeg zračenja.
Kvalitetu, stručnost, pouzdanost i vjerodostojnost rada Sektor sa svojim službama i odjelima, između ostalog, potvrđuje i akreditacijom laboratorijskih usluga prema zahtjevima standarda BAS EN ISO/IEC 17025:2018 i radi na stalnom unaprijeđenju sistema kvalitete (Potvrda o akreditaciji dostupna na internetskoj stranici Instituta za akreditiranje BiH (http://www.bata.gov.ba/Akreditirana_tijela/Dodaci/LI/LI-96-01.pdf)
Sektor sa svojim službama, provodi stručne i znanstveno-istraživačke projekte nacionalnog i internacionalnog karaktera s ciljem unaprijeđenja kvalitete ishrane kao i zdravstvene ispravnosti vode i hrane namjenjene za ljudsku potrošnju.
Uposlenici Sektora sudjeluju u radu stručnih savjetodavnih komisija iz oblasti zdravstvene ekologije, te aktivno rade na usklađivanju propisa BiH sa poglavljem 12. Sigurnost hrane, veterinarstvo i fitosanitarna politika pravne stečevine (acquis) EU, kao bi se standardi koji se odnose na sigurnost hrane, proizvodnju, promet i dr. dosljedno primjenjivali na cijeloj teritoriji EU.
U obavljanju redovnih aktivnosti, Sektor surađuje sa upravama za inspekcijske poslove na federalnoj i kantonalnoj razini, Agencijom za sigurnost hrane BiH, Agencijom za vodno područje slivova Jadranskog mora, zavodima za javno zdravstvo u BiH i regiji, nadleženih ministarstvima i drugim relevantnim institucijama iz oblasti zdravstvene ekologije.
Sektor zdravstvene ekologije provodi edukacije studenata, zdravstvenih radnika i suradnika u dodiplomskom i poslijediplomskom obrazovanju te je nastavna baza fakulteta zdravstvenog usmjerenja i drugih fakulteta iz područja prirodnih znanosti.
Sektor zdravstvene ekologije je organiziran u tri službe:
- Služba za laboratorijska ispitivanja – OJ Mostar
- Služba za laboratorijska ispitivanja – OJ Sarajevo
- Služba za zaštitu od zračenja