• Zavodom rukovodi ravnatelj. 
• Ravnatelj je odgovoran za zakonitost rada i stručni rad  Zavoda.
• Ravnatelja imenuje i razrješava Upravno vijeće Zavoda putem javnog natječaja na  period od četiri (4) godine, sa mogućnošću reizbora za još jedan mandatni period. 

Ravnatelj obavlja i sljedeće poslove i zadatke:

• organizira i rukovodi radom Zavoda,
• organizira i vodi stručni rad Zavoda u suradnji sa Stručnim vijećem,
• predstavlja i zastupa Zavod suglasno ovlastima iz ovoga Statuta,
• predlaže unutarnju organizaciju i sistematizaciju Zavoda u suradnji sa Stručnim vijećem i uz sudjelovanje Upravnog vijeća Zavoda,
• stara se o izvršavanju odluka Upravnog vijeća Zavoda,
• obustavlja od izvršenja odluke stručnih tijela ukoliko ocijeni da su neusuglašene sa Ustavom ili u suprotnosti sa Zakonom i drugim propisom ili bi izvršenje tih odluka moglo izazvati štetne posljedice po Zavod, o čemu je dužan odmah obavijestiti Upravno vijeće i Nadzorno vijeće Zavoda, kao i donositelja akta, te Federalno ministarstvo zdravstva,
• predlaže osnove plana rada i razvoja,
• stara se o primjeni financijskih propisa u poslovanju Zavoda i naredbodavac je za izvršenje financijskog plana,
• odgovara Upravnom vijeću Zavoda za rezultate rada i financijsko poslovanje Zavoda,
• podnosi Upravnom vijeću Zavoda jednom tromjesečno pismeno izvješće o cjelokupnom poslovanju, odnosno rezultatima rada i financijskog poslovanja, te poduzima mjere za uspješno poslovanje, unapređenje organizacije i procesa rada,
• sudjeluje u radu Upravnog i Nadzornog vijeća Zavoda, bez prava odlučivanja,
• pokreće postupak donošenja i usaglašavanja općih akata Zavoda, te daje prijedloge istih prema Upravnom vijeću Zavoda,
• odlučuje o potrebi prijema radnika, suglasno financijskim mogućnostima Zavoda, zaključuje ugovore o radu, vrši raspoređivanje radnika na radna mjesta u skladu sa Pravilnikom o unutarnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta Zavoda, odlučuje o prestanku i otkazu ugovora o radu,
• odlučuje u prvom stupnju o pravima i obvezama radnika iz rada i u vezi sa radom, a suglasno Zakonu o radu, kolektivnom ugovoru, statutu i drugim općim aktima Zavoda,
• određuje i izriče sankcije za teže i lakše povrede radnih obveza, 
• izdaje naloge i upute za rad pojedinih organizacijskih jedinica, radnika ili grupe radnika, a radi izvršenja određenih poslova,
• po potrebi obrazuje komisije, radne i stručne grupe i druga radna i savjetodavna tijela radi razrade određenih pitanja, izrade studija, analiza, prijedloga, stručnih mišljenja i sl.,
• donosi odluku po prigovoru pacijenta koji smatra da su mu povrijeđena prava vezana za ostvarivanje zdravstvene zaštite, odnosno kada pacijent nije zadovoljan pruženom zdravstvenom uslugom, odnosno postupkom zdravstvenog ili drugog radnika zdravstvene ustanove,
• provodi opće akte koji po svom sadržaju spadaju u nadležnost ravnatelja Zavoda,
• obavlja i ostale poslove utvrđene Zakonom, ovim statutom i drugim propisima.

U izvršavanju poslova iz svoje nadležnosti ravnatelj donosi odluke, naredbe, naloge, rješenja, uputstva, preporuke i dr.

U slučaju odsutnosti ravnatelja zamjenjuju pomoćnici ravnatelja ili druga osoba koju on odredi.