Odjel za informatizaciju zdravstvenog sustava i informatičku podršku zadužen je za implementaciju i održavanje informacionih sistema, koji podržavaju sve aktivnosti Zavoda. Cilj ovog odjela je poboljšati dostupnost i efikasnost korištenja informacionih resursa, uz osiguranje tehničke podrške za sve službe. Odjel kontinuirano prati tehnološki napredak i prilagođava infrastrukturu kako bi unaprijedio rad zdravstvenih ustanova, pri čemu posebnu pažnju posvećuje sigurnosti i integritetu podataka.
Digitalna transformacija ključna je za daljnji razvoj zdravstvenog sistema i osiguranje kvalitetnih podataka, koji su neophodni za donošenje odluka i planiranje mjera u oblasti zdravstva.