Djelatnost rada Sektora javnog zdravstva je jedan od najvitalnih segmenata rada Zavoda za javno zdravstvo Federacije BiH.
Sektor javnog zdravstva, u skladu sa zakonom definiranim funkcijam,a obalja statistička istraživanja iz područja zdravstva, njihovo provođenje, prikupljanje i obradu podataka te objavu i diseminaciju rezultata. Sektor vrši prikupljanje, monitoring i analizu respektabilnog seta pokazatelja zdravstvenog stanja i vodećih faktora rizika po zdravlje stanovništva, podataka o resursima u zdravstva i funkcioniranju i organizaciji zdravstvene zaštite u Federaciji BiH.
U suradnji sa međunarodnim partnerima, Sektor javnog zdravstva predlaže i implementira tematska populaciona istraživanja nadzora zaraznih bolesti, faktora rizika nezaraznih bolesti i analize organizacije i korištenja zdravstvene zaštite.
Sektor aktivno sudjeluje u predlaganju mjera unaprjeđenja zdravstvenog stanja stanovništva i organizacije zdravstvene zaštite, kroz programe prevencije i aktivnog nadzora zaraznih bolesti, programe imunizacije, te programe prevencije i nadzora faktora rizika za nezarazne bolesti.
Sektor kroz svoje službe i odjele, a temeljem zakonom definiranih funkcija Zavoda, priprema i objavljuje godišnje izvještaje o zdravstvenom stanju stanovništva i organizaciji zdravstvene zaštite, zdravstveno statističke godišnjake, periodične publikacije preventivnih programa Zavoda kao što su rano otkrivanje slabovidnosti kod djece predškolskog uzrasta, oralno zdravlje, program prevencije pušenja i promocije prostora bez duhanskog dima, monitoiring kvalitete zraka unutrašnjih prostora, jačanje zdravih prehrambenih navika kod djece i mladih te tematske biltene i druge promotivne materijale.
Sektor sudjeluje u organizaciji tematskih edukacija za zdravstvene radnike na pripravničkom i specijalizantskom stažu, kontinuirane profesionalne edukacije iz zdravstvenog menadžmenta, edukacije iz oblasti ranog rasta i razvoja te druge tematske oblike edukacija iz ingerencija Zavoda.