Odjel za prikupljanje, obradu i analizu zdravstveno-statističkih podataka obavlja ključne funkcije u skladu sa Zakonom o evidencijama u oblasti zdravstva (”Službene novine Federacije BiH, broj 37/12”) i pratećim pravilnicima koji uređuju sadržaj i formu izvještajnih obrazaca. Zavod je, u cilju jačanja transparentnosti i informisanja, razvio softversko rješenje “RegiZ”, koje je dostupno svim zdravstvenim ustanovama na teritoriji Federacije BiH.
Služba/odjel kontinuirano prati zdravstvene indikatore prema standardima Svjetske zdravstvene organizacije (SZO) i EUROSTAT-a. Važan dio rada predstavlja publiciranje Zdravstveno-statističkih godišnjaka i drugih publikacija kao i edukacija zdravstvenih radnika iz oblasti biostatistike i informatike, s posebnim naglaskom na zakonsku regulativu i primjenu jedinstvene metodologije.