- Zavodom upravlja Upravno vijeće Zavoda za javno zdravstvo Federacije Bosne i Hercegovine.
- Upravno vijeće ima 5 (pet) članova i čine ga predstavnici:
- osnivača – 3 (tri) člana, od kojih 1 (jedan) mora biti ispred Federalnog ministarstva zdravstva,
- stručnih radnika Zavoda – 2 (dva) člana, od kojih najmanje 1 (jedan) mora biti iz reda zdravstvenih radnika.
- Predsjednika i članove Upravnog vijeća imenuje i razrješava Vlada Federacije Bosne i Hercegovine na prijedlog federalnog ministra zdravstva.
- Kandidati za članove u Upravno vijeće Zavoda moraju ispunjavati kriterije utvrđene Odlukom o bližim kriterijima za imenovanje u upravna vijeća zdravstvenih ustanova u vlasništvu Federacije Bosne i Hercegovine, odnosno jednog ili više kantona i Federacije Bosne i Hercegovine zajedno („Službene novine Federacije BiH“, broj 54/10 i 59/10).
- Mandat članova Upravnog vijeća traje četiri godine sa mogućnošću reizbora na još jedan mandatni period.
Upravno vijeće Zavoda obavlja sljedeće poslove i zadatke:
- donosi statut Zavoda,
- donosi financijski plan i usvaja godišnji obračun Zavoda,
- sudjeluje u pripremi općeg akta o unutarnjem uređenju i sistematizaciji poslova i drugih općih akata, suglasno zakonu i statutu Zavoda,
- donosi opće akte o unutarnjem uređenju i sistematizaciji poslova i drugih općih akata, suglasno zakonu i statutu Zavoda,
- donosi Poslovnik o radu Upravnog vijeća Zavoda,
- donosi godišnji plan rada Upravnog vijeća Zavoda i godišnje izvješće o radu Upravnog vijeća Zavoda,
- utvrđuje planove rada i razvoja Zavoda,
- utvrđuje godišnji program rada Zavoda,
- donosi financijski plan i usvaja godišnji obračun,
- usvaja godišnji plan nabava Zavoda,
- usvaja izvješće o planu javnih nabava Zavoda,
- daje suglasnost na zaključenje ugovora o pojedinačnim javnim nabavama u Zavodu čija vrijednost prelazi 50.000 KM
- odlučuje, uz suglasnost osnivača, o promjeni naziva i sjedišta Zavoda,
- predlaže osnivačima promjenu i proširenje djelatnosti, te statusne promjene,
- odlučuju o raspisivanju javnog oglasa za postavljanje ravnatelja Zavoda,
- imenuje i razrješava ravnatelja odnosno v.d. ravnatelja Zavoda,
- odlučuje o svim pitanjima obavljanja djelatnosti radi kojih je Zavod osnovan, ako zakonom nije određeno da o određenim pitanjima odlučuje drugo tijelo Zavoda,
- usmjerava, kontrolira i ocjenjuje rad ravnatelja Zavoda, te razmatra izvješće o radu ravnatelja i izvješće o radu Zavoda, što uključuje i financijsko izvješće Zavoda,
- odlučuje o korištenju sredstava preko iznosa utvrđenog statutom Zavoda,
- odlučuje o imovini Zavoda,
- odlučuje o raspolaganju u pravnom prometu pokretnom imovinom čija vrijednost po pojedinom aktu prelazi 50.000 KM (slovima: pedeset tisuća konvertibilnih maraka),
- odlučuje o korištenju zajmova i kredita za investicijska ulaganja,
- odlučuje o uvođenju novih zdravstvenih tehnologija u djelatnost Zavoda,
- donosi godišnju odluku o utvrđivanju viška prostora i opreme Zavoda za davanje u zakup, a uz prethodnu suglasnost federalnog ministra zdravstva,
- odlučuje o uvjetima i načinu ulaganja sredstava fizičkih i pravnih osoba iz zemlje i inozemstva u razvoj Zavoda,
- odlučuje o raspodjeli dobiti za obnavljanje i razvoj djelatnosti,
- odlučuje u drugom stupnju po prigovoru na akte kojima se odlučuje o pojedinim pravima zaposlenika iz radnog odnosa,
- podnosi osnivaču najmanje jedanput godišnje izvješće o poslovanju Zavoda,
- rješava sva pitanja odnosa s osnivačem,
- obavlja i druge poslove saglasno zakonu, statutu Zavoda i poslovniku o radu Upravnog vijeća.
Upravno vijeće Zavoda za svoj rad je odgovorno osnivaču, Vladi Federacije BiH i federalnom ministru zdravstva.