Služba za socijalnu medicinu obavlja sljedeće poslove:
- prati i analizira zdravstveno stanje stanovništva
- prati i analizira organizaciju zdravstvene zaštite
- provodi populaciona istraživanja u svrhu praćenja, analize i ocjene zdravstvenog stanja stanovništva i prisustva faktora rizika kao i istraživanja zdravstvenog sistema
- učestvuje u izradi politika i strategija za zdravlje
- predlaže i sudjeluje u provođenju mjera za očuvanje i unapređenje zdravlja stanovništva
- predlaže program mjera zdravstvene zaštite
- sudjeluje u izradi nomenklatura usluga i poslova zdravstvene zaštite
- prati i evaluira zdravstveno stanje i zdravstvenu zaštitu mladih
- prati i evaluira provođenje preventivno-promotivnih programa te drugih mjera zdravstvene zaštite
- priprema, prati i evaluira programe zdravstvene zaštite stanovništva
- sudjeluje u edukaciji zdravstvenih radnika
- vodi registre iz oblasti javnog zdravstva od interesa za FBiH uključujući bolesti ovisnosti
- obavlja poslove planiranja, programiranja i evaluacije iz oblasni djelovanja
- priprema izvještaje i publikacije iz djelokruga svog rada
- sudjeluje u pružanju stručne pomoći federalnom i kantonalnim ministarstvima zdravstva i zavodima za javno zdravstvo
U sastavu Službe za socijalnu medicinu i organizaciju zdravstvene zaštite su:
- Odjel za monitoring i istraživanje zdravstvenog stanja stanovništva
- Odjel za monitoring i istraživanje organizacije zdravstvene zaštite
- Koordinacioni centar za mentalno zdravlje