Služba za zdravstvenu ekologiju obavlja sljedeće poslove:
- utvrđuje zdravstvene potrebe i predlaže programe mjera zdravstvene zaštite;
- radi na ugovorenim projektima iz područja zdravstvene ekologije (zdrava ishrana raznih populacijskih grupa sa posebnim akcentom na trudnice i djecu do 1 godine života;)
- prati, analizira i ocjenjuje utjecaj okoliša (voda, zrak, tlo, buka) na zdravstveno stanje stanovništva na području Federacije BiH;
- prati, proučava i ocjenjuje zdravstvenu ispravnost i kvalitet vode za piće, površinske vode, i stanje vodosnadbjevanja;
- prati, analizira i ocjenjuje utjecaj voda za kupanje, rekreaciju i sport na zdravstveno stanje stanovništva;
- prati, proučava i ocjenjuje zdravstvenu ispravnost i kvalitet namirnica i predmeta opšte upotrebe;
- provodi zdravstveni nadzor nad proizvodnjom i prometom namirnica i predmeta opšte upotrebe;
- organizuje promotivno-edukativne aktivnosti (u prehrambenoj industriji, školama, obdaništima, ugostiteljstvu i dr.);
- obavlja poslove iz oblasti ekotoksikologije;
- provodi javno zdravstvenu mikrobiološku djelatnost od interesa za Federaciju BiH;
- provodi i organizuje međulaboratorijske usporedne testove na nacionalnom i međunarodnom nivou, te obavlja potvrdne analize;
- provodi stručne poslove utvrđene programom rada Zavoda;
- provodi projekte, programe i aktivnosti iz područja javnog zdravstva;
- vrši stalno unaprijeđenje sistema kvalitete u skladu sa BAS EN ISO/IEC 17025;
- sudjeluje u školovanju iz područja javnog zdravstva;
- sudjeluje u provedbi stručnih i naučnih istraživanja, surađuje sa Federalnim i kantonalnim ministarstvima zdravstva i zavodima za javno zdravstvo, sanitarnom i tržišnom
- inspekcijom, te Agencijom za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine.
U sastavu Službe za zdravstvenu ekologiju su:
- Odjel za higijenu i zdravstvenu ekologiju
- Odjel za hemijsku analizu voda
- Odjel za hemijsku analizu namirnica i predmeta opšte upotrebe
- Odjel za mikrobiološku analizu namirnica, voda i predmeta opšte upotrebe
- Odjel za humanu mikrobiologiju
- Odjel za administrativne poslove.