Služba za financijske poslove obavlja sljedeće poslove:
- pripreme prijedloga zahtjeva koje su podloga za izradu Proračuna Federacije BiH;
- evidentira i prati računovodstveno i financijsko poslovanje Zavoda, predlaganje mjera za unapređenje;
- pripremu i izradu mjesečnih, tromjesečnih i godišnjih planova;
- praćenje izvršenja ovih planova u skladu sa odobrenim proračunskim sredstvima, sastavljanje i podnošenje završnog i periodičnog obračuna;
- vođenje posebnog knjigovodstva te praćenje realizacije projekata Zavoda u saradnji s stranim donatorima, te obavljanje ostalih financijsko-računovodstvenih poslova u skladu sa propisima iz oblasti trezorskog poslovanja i dr.