Služba za zdravstvenu statistiku obavlja sljedeće poslove:
- sprovođenje i izvršenje Programa statističkih istraživanja u oblasti zdravstva kroz izradu zbirnih polugodišnjih i godišnjih izvještaja (prikupljanje, kontrola, unos i obrada podataka po utvrđenoj metodologiji), analizu rezultata polugodišnjih i godišnjih izvještaja (o zdravstvenim kapacitetima i uslugama, o utvrđenim oboljenjima, stanjima i povredama), praćenje izvršenja Programa statističkih istraživanja, stručno-metodološka pomoć zdravstvenim ustanovama i zavodima, izrada godišnjih izvještaja o izvršenju statističkih istraživanja u oblasti zdravstva od interesa za FBiH
- ostala stručno-metodološka aktivnost na reformi zdravstveno-statističkog sistema kao što je provođenje probnih i novih statističkih istraživanja iz oblasti zdravstva (registar zdravstvenog kadra, opreme) izbor ili konsultacije o izboru i korištenju zdravstveno-statističkih parametara i indikatora potrebnih za praćenje, proučavanje i ocjenu zdravstvenog stanja stanovništva i zdravstvene zaštite prema međunarodnim preporukama, izrada programa obuke liječnika i drugih stručnjaka iz oblasti zdravstvene statistike i informatike, inovacija statističke regulative, inovacija metodološke regulative
- izrada publikacija zdravstveno-statističkih podataka kroz izradu programa, izbor podataka, statističkih parametara i indikatora za publikovanje, kreiranje i izradu publikacionih tabela, tabeliranje podataka, izračunavanje i tabeliranje statističkih parametara, izrada grafikona
- praćenje zdravstvenih indikatora prema međunarodnim preporukama SZO i EUROSTAT-a, preuzimanje podataka i indikatora iz drugih institucija koji su neophodni za ocjenu zdravstvenog stanja stanovništva, praćenje zdravstvenih indikatora te izrada prijedloga programa prevencije i promocije zdravlja
- saradnja sa nadležnim ministarstvima, sanitarnom inspekcijom te Federalnim zavodom za statistiku i dr.
U sastavu Službe za zdravstvenu statistiku su:
- Odjel za informatizaciju zdravstveno statističkog sistema
- Odjel za zdravstveno statistička istraživanja